Bei der weiter fortgeschrittenen Apoptose kommt es zu einer Framentierung des Zellkernes. Man findet multiple Kernfragmente mit stark verdichtetem Heterochromatin. Die Zellorganellen wie z.B. Mitochondrien oder rER-Profile sind strukturell nicht verändert und die Zellmembran bleibt intakt. Die an der Zelloberfläche sich bildenden Blasen werden grösser und schnüren sich ab. Schliesslich zerfällt die Zelle in multiple, von Plasmalemm umgebene Fragmente mit Kern- und Organellenresten, die als apoptotische Körperchen bezeichnet werden.

Zusatzinformation
Die apoptotischen Körperchen werden entweder von benachbarten Zellen oder von Makrophagen aufgenommen und abgebaut. Im Gegensatz zur Nekrose kommt es bei der Apoptose in der Regel nicht zu einer Freisetzung von Zellbestandteilen in den Extrazellularraum und damit nicht zu einer Entzündungsreaktion.