Die in-situ-Hybridisierung dient dem Nachweis des Expression von bestimmten Genen und ihrer Transskriptionsprodukte - der mRNA – in den Zellen. Im ersten Schritt erfolgt die Trennung der Basenpaare der zellulären mRNA durch Denaturierung. Anschliessend wird die komplementäre cRNA-Sonde (‚antisense probe’) für die Hybridisierung hinzugegeben; sie ist an einen Marker, z.B. Digoxigenin, gekoppelt. Im dritten Schritt wird die Bindung der komplementären mRNA durch den Nachweis des Markers z.B. unter Verwendung eines anti-Digoxigenin-Antikörpers, der an ein Enzym gekoppelt ist, angezeigt – ähnlich wie bei der Immunhistochemie.