Da die Organfragmente bei der Rasterelektronenmikroskopie in einem Vakuum untersucht werden, müssen sie vorher vollständig getrocknet werden. Bei der Trocknung entstehen häufig Oberflächenspannungen, die zu einer Zerstörung der Gewebsstrukturen führen. Um dies zu vermeiden, führt man zuerst eine Entwässerung über eine aufsteigende Acetonreihe durch. Anschliessend folgt die Kritischpunkt-Trocknung in einer Hochdruckkammer. Dabei wird das Aceton im Gewebe bei 10 °C durch flüssiges CO₂ ausgetauscht. Durch eine vorsichtige Erhöhung der Temperatur bei einem Druck von 40 bar wird das flüssige CO₂ in die gasförmige Phase überführt und das Gas wird langsam abgelassen. Die getrockneten Organfragmente werden anschliessend auf einen Präparathalter montiert.