Als Fixationsmittel wird üblicherweise eine gepufferte Formaldehydlösung verwendet. Der pH-Wert der Fixationslösung sollte leicht alkalisch sein, um die für die Auto- und Heterolyse des Präparates verantwortlichen Enzyme zu stoppen. Das Verhältnis von Präparat- zu Fixationsvolumen sollte mindestens 1 : 10 betragen, um eine gute Penetration des Formaldehyd zu gewährleisten. Die Fixation dauert je nach Präparatvolumen und Organtyp einige Stunden bis mehrere Tage.
Durch die Fixation wird die Autolyse (Selbstauflösung von Zellen und Geweben durch die Aktivierung von lytischen Enzymen) und die Heterolyse (Zerstörung von Zellen und Geweben durch Mikroorganismen - Bakterien, Pilze etc.-) gehemmt.