Der Eponblock mit dem Präparat wird zuerst in einem Ultramikrotom mit einem Glasmesser geschnitten, sodass 1 – 2 µm dicke Schnitte (sogenannte Semidünnschnitte) entstehen, die gefärbt (z.B. Toluidinblau) und mit dem Lichtmikroskop angesehen werden.

Bei der lichtmikroskopischen Untersuchung wird das Areal für die Ultradünnschnitte bestimmt. Der Eponblock wird anschliessend für das gewählte Areal zugetrimmt.