Die Organfragmente müssen klein sein (ca. 1 mm³), damit die Fixationslösung möglichst schnell alle Zellen erreicht. Um die Auto- und Heterolyse der Zellen zu hemmen wird die Fixation in der Regel bei 4 °C durchgeführt. Zur Fixation der Proteine verwendet man in der 1. Fixation eine gepufferte Aldehydlösungen und zur Stabilisierung der Lipide werden die Präparate in der 2. Fixation mit einer Osmiumlösung behandelt.