Die Präparation für die Immunofluoreszenz ist ähnlich wie diejenige für die Immunohistochemie. Paraffin- oder Gefrierschnitte oder auch auch ganze Zellen werden mit einem spezifisch an das Antigen bindenden primären Antikörper inkubiert. Der anschliessend verwendete sekundäre Antikörper ist mit einem Fluorochrom (z.B. Fluoreszin-iso-thiozyanat, FITC) gekoppelt. Die Präparate werden mit einem Fluoreszenzmikroskop untersucht, bei dem das Fluorochrom durch Licht einer bestimmten Wellenlänge zum leuchten gebracht wird.

Zusatzinformation
Durch die Verwendung von zwei Antikörpern wird das Signal verstärkt, da sich mehrere sekundäre Antikörper an den primären Antikrper binden können. Man verwendet die indirekte Methode besonders dann, wenn eine geringe Antigenmenge vorhanden ist.
Ein Antigen, das in grösserer Menge vorkommt,  kann auch direkt mit einem primären Antikörper, der an ein Fluorochrom gekoppelt ist, nachgewiesen werden (direkte Methode).