Organfragmente werden eingefroren und bei tiefen Temperaturen mittels eines Kryomikrotoms geschnitten, um die Strukturen oder Makromoleküle, die beim Standardprozedere durch die Fixation und Einbettung zerstört werden, zu erhalten. Dieses Verfahren ist zeitsparend und wird daher häufig in der Klinik angewendet, wenn eine schnelle Diagnose notwendig ist (sog. Schnellschnitte).