GEP-Zellen sind im Elektronenmikroskop durch spezifische Granula gekennzeichnet, in denen Hormone gespeichert sind. Form, Grösse und Dichte der Granula variieren je nach Zelltyp. Auf dem Bild ist eine enterochromaffine Zelle (EC-Zelle) mit typischen serotoninhaltigen Granula und eine D-Zelle mit Somatostatin enthaltenden Granula zu sehen.